玉米和小麥的秸稈雖然都是農作物秸稈，但是因為所含營養元素不同，在堆肥發酵時很多環節是有區別的。表現在以下7個方面：
　　玉米和小麥堆肥發酵技術區別

　　1、選好堆肥地點
　　在漫長的冬季里，氣溫一直很低，為了加快秸稈的發酵速度，堆制場地最好選在背風向陽的地方，四周夾上障子。這樣既能提高環境的溫度，又能防止牲畜和畜禽的破壞，保證秸稈肥的堆制質量。

　　2、搞好玉米秸稈處理
　　先把玉米秸稈用鍘草機或鍘刀切成3～4厘米長，也可用粉碎機進行粉碎，但不要粉得過碎，然后用人糞尿或稀釋的畜禽糞湯進行浸泡，以浸透為宜。

　　3、原料配比要適當
　　堆制玉米秸稈肥，原料配比很關鍵。一般配制方法是：7 份切碎的玉米秸稈、2份畜禽糞、1份人糞尿；或是切碎的玉米秸稈、土、牲畜糞、人糞尿，配制比例為6:1:2:1；不管采取哪一種方法，秸稈和水的比例都應以1:3 為宜。

　　4、選擇適宜的堆制方法
　　把備好的原料用足量的水澆透后拌均勻，在平地或糞堆上進行堆制，如氣溫在0℃以上時可用熱水引溫，低于0℃時要點火引溫。先在堆底土上堆一車馬糞，在馬糞中間扒個坑，坑內放些干柴點燃，然后再壓上 20厘米左右的秸稈，見到冒煙后再蓋上一層馬糞，待堆的各處都透白霜或冒熱氣時，再往堆的四周添已拌好的配料。一次添料不可過多，哪里透出白霜就往哪里添料，不透霜不能添料。同時，要做到盡量堆大堆，以保持溫度，加快發酵速度，堆高一般為1.5米左右。

　　5、嚴格控制堆內溫度
　　堆后7天左右開始發熱，不久將會出現高溫。在發酵期間溫度應控制在50～60℃，這對微生物分解纖維細菌活動最為有利。如果溫度超過70℃時，這種細菌活動就會停止。因此，在堆制時必須先將玉米秸稈浸濕、吸足水分，軟化秸稈組織，便于微生物浸入進行分解活動；并且一些養分也必須溶解在水里才能被微生物吸收利用，可加速秸稈的發酵腐熟速度。
　　當然，也要防止溫度過低，過低時會拖延發酵的時間。在降雪后要及時掃除堆上的積雪，防止秸稈堆表面結冰，而降低堆內溫度。

　　6、為微生物活動創造條件
　　玉米秸稈肥的腐熟過程，就是微生物分解有機質的過程，秸稈腐熟的快慢與秸稈微生物活動有密切關系。因此，在堆制時要適當加入一些人糞尿或碳酸氫銨，增加碳氨之比，促進微生物的分解活動。堆制后10天左右翻倒一次，以后每隔7天倒一次，共倒3～4 次。翻倒的作用主要是使原料混拌均勻、受熱一致和流通空氣，保證好氣性微生物活動繁殖快，促進秸稈腐爛，縮短堆腐時間。

　　7、及時調節堆內的酸度
　　堆內的微生物適宜在中性和微堿性條件下進行活動，當酸度過大時，可適量加入少量的石灰或草木灰以中和堆內的酸度，保持微生物活動有良好的生活環境。這樣堆制的玉米秸稈肥，經過25～30天就可達到黑、爛、臭的質量標準。

　　由于大豆和薯類也大都在秋季收獲，它們的秸稈堆肥方式可參照玉米秸稈堆肥技術，或者與玉米秸稈一同進行。