在適宜溫濕度和密閉的厭氧條件下，秸稈中的纖維素、半纖維素和木質素大量降解，產生糖類，繼而又被轉化成乳酸和揮發性脂肪酸，使pH值下降到4.5-5.0，抑制有害菌和腐敗菌的繁殖。
秸稈肥發酵過程中需要注意以下幾點：
1、如果用發酵池貯藏，發酵池盡量建在地勢高的地方，方便滲水。
2、含水量一定要控制好。一般制作青貯的原料水分含量應保持在50%,低于或高于這個含水量，均不易青貯。水分高了要加糠吸水，水分低了要加水。
3、原料要有一定的糖分含量。一般秸稈都含有糖，為益生菌提供繁殖營養物質。
4、壓實。在裝窖時一定要將青貯料壓實，盡量排出料內空氣，不要忽略邊角地帶，盡可能地創造厭氧環境。
5、密封。青貯容器不能漏水、露氣。一定要注意后天的維護工作。
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